Trong thung lũng Hoa Sơn xanh mướt, nơi dòng thác Bạc chảy qua những tảng đá cổ, có gia đình rái cá Bống sinh sống. Một sáng nọ, Bống phát hiện cây hoa sơn trà trăm năm - linh hồn của thung lũng - đang héo rũ cánh. "Phải tìm nguyên nhân thôi!" - Bống quyết định lần theo dòng suối.
Đến khúc quanh hẻm núi, Bống giật mình thấy nước đục ngầu, cá chết nổi lềnh bềnh. Chú rái cá nhỏ gặp Cụ Rùa Mai Vàng - người canh giữ thung lũng. "Nhà máy của con người đang đổ chất thải ra suối!" - Cụ Rùa thở dài. Bống liền rủ bạn Sóc Lông Đỏ tinh nghịch đi điều tra.
Trong đêm trăng, ba bạn phát hiện cậu bé Tí - con trai chủ nhà máy - đang lén lút lấy mẫu nước. Tí sững sờ khi biết cha mình gây ô nhiễm. "Cháu sẽ giúp các bạn!" - Tí hứa. Cả nhóm cùng nghĩ kế: Dùng lá cây lọc nước, nhờ ong thợ gửi thư phản đối đến thị trưởng.
Bất ngờ nhất là khi Tí thuyết phục cha lắp hệ thống xử lý nước thải. Ngày thung lũng hồi sinh, hoa sơn trà nở rộ tỏa hương ngào ngạt, từng giọt mật hoa long lanh như những viên ngọc thiên nhiên ban tặng.
